Do ở Tokyo JO có tới 5 năm đào tạo chính quy, vậy nên chương trình học vấn ở đây cũng tương đối khác biệt. Năm nhất khi mới vào trường nhịp độ học sẽ khá nhẹ nhành, từ năm 2 trở đi sẽ tăng dần lượng kiến thức và độ khó, thậm chí thời gian học cũng nhiều hơn. Từ việc thời gian học tăng nên dẫn tới có những ngày phải học cả buổi tối, dẫn tới học sinh năm 2 sẽ buộc phải ở kí túc xá của trường.

Ở Tokyo JO có một môn học cực đặc biệt ngoài những môn học phổ thông cần có, đó là môn học chiến lược. Đây được coi là môn học rất quan trong ở Tokyo JO, nó còn mang lại điểm lớp rất cao từ các bài kiểm tra chiến lược mỗi kỳ.

Bài kiểm tra này về cơ bản rất đa dạng, có thể về kinh tế, xã hội… thậm chí là cả game. Kiếm tra có thể là đưa ra những chiến lược giúp những đứa trẻ tự kỷ hòa đồng với xã hội, tìm giải pháp cho vấn nạn suy thoái kinh tế của một cửa hàng, dẫn đầu trong một giải đấu game KJM (một tự game về chiến thuật quân sự)… Tất cả những thứ trên đều cần những kiến thức chuyên ngành và có sự tìm hiểu, tự học sẽ là rất nhiều, đó chính là thứ Tokyo JO hướng tới. Bài kiểm tra này sẽ là làm việc tập thể.

So với những trường cấp 3 khác, kiến thức cơ bản ở một trường cấp 3 tại Tokyo JO chỉ học trong vòng 2 năm học. Những năm học tiếp theo sẽ là những kiến thức đại học và những kiến thức theo biên soạn riêng của nhà trường. Những kiến thức này đảm bảo phát triển toàn diện được thế mạnh và ưu điểm của học sinh.

Thử làm rõ quan điểm trên, nhà trường có hình thức xét tuyển đầu vào là học sinh chỉ cần là thiên tài trong một lĩnh vực hữu dụng. Ví dụ đó là một thiên tài cờ vua, trong những bài học được biên soạn đó sẽ có những dạng chuyên sâu giúp phát triển tư duy logic và khả năng tính toán rất cao, rồi cả khả năng ghi nhớ. Nó có thể nằm trong các môn như toán, vật lý, văn học… Hay thậm chí với một thiên tài bóng đá. Nhưng môn học được biên soạn có thể giúp nâng cao thể lực, đọc vị tình huống nhanh, tư duy phản xạ và xoay sở sắc bén… Nó có thể nằm ở các môn như chiến lược, toán, thể dục…

Về cơ bản hệ thống môn học vô dùng dày đặc đó, nhà trường muốn đảm bảo có thể phát triển tối đa khả năng cũng như trình độ của mỗi người. Tất nhiên không bắt buộc họ phải giỏi hết các môn đề ra, chỉ cần một phần trong số đó nâng tầm được học sinh, hiệu quả tối đa là được. Những môn học khác chỉ cần không điểm liệt và tổng điểm trung bình tất cả các môn trên trung bình là đạt. Tuy nhiên nếu điểm quá tệ sẽ ảnh hưởng tới điểm lớp rất lớn và ảnh hưởng cả đãi ngộ, do vậy những lãnh đạo của lớp cùng các thành viên phải đưa ra những nước đi đúng đắn, tận dụng thế mạnh để giành điểm và khắc phục điểm yếu để giữ điểm. Lớp phải xếp ở vị trí cao mới đảm bảo có được đào tạo tốt nhất, bởi những đãi ngộ về đào tạo là vô cùng khác biệt. Tính tập thể từ đó rất được đề cao.

Ngoài 5 năm học chính quy ra thì còn một năm học dành cho tinh anh nữa, năm 6. Vào được năm 6 ở Tokyo JO đồng nghĩa với việc vào được một trường đại học danh tiếng nhất, thậm chí có phần cao hơn. Hầu hết nhân tài đất nước mỗi năm đều xuất phát từ đây mà ra. Họ mang về vô số giải thưởng lớn, phát kiến, phát minh, giải pháp, và cả tiền… rất nhiều cho đất nước và cả bản thân. Có thể coi đó là mũi nhọn của đất nước.

Về khảo sát cơ bản, học sinh ra trường từ Tokyo JO (năm 5) đều có được nhưng công việc tốt đến ổn định. Tất nhiên có sự khác biệt giữa những lớp top đầu và sau.