Hoa anh đào lại nở rộ, tất cả các thành viên của Đoàn SOS đều háo hức đón chào năm học mới khi ai nấy đều được lên lớp. Trong không khí ngập tràn sức sống ấy, những nhân vật bí hiểm đột ngột xuất hiện: cô ả bắt cóc Asahina, gã xấu xa đến từ tương lai, và một cô nàng ngoài hành tinh quái dị. Ba người bọn họ vây lấy người bạn gái thân thiết thuở cấp hai của Kyon. Song song với đó, Haruhi lại hăng hái lên kế hoạch chiêu mộ thành viên mới cho Đoàn SOS.

Thế giới này đang xảy ra chuyện quái quỷ gì vậy?