Vào nhiều năm về trước, nhân loại đã bị buộc phải rời khỏi mặt đất. Bởi vì nơi đó giờ đây đã bị những sinh vật kỳ lạ được gọi là Ma Giáp Trùng chiếm giữ. Nhân loại không còn cách nào khác ngoài việc buộc phải di cư lên sống tại các thành phố lơ lửng trên bầu trời. Cũng kể từ đó, các Không Chiến Pháp Sư đã được ra đời với sứ mệnh bảo vệ nhân loại khỏi những sinh vật mang tên Ma Giáp Trùng ấy.

Kanata Age từng là một Không Chiến Pháp Sư tài năng, và là một thành viên chủ chốt trong tiểu đội S128, tiểu đội mạnh nhất tại học viện Mystogan. Tuy nhiên, sau một trận chiến với lũ Ma Giáp Trùng cùng với tiểu đội của mình, cậu đã bị mọi người gắn cho cái mác là “Kẻ phản bội”. Tuy là bị cả học viện xem thường, và khinh miệt, nhưng cậu lại chẳng hề để tâm gì đến những điều đó. Cậu vẫn tiếp tục chiến đấu một cách âm thầm và lặng lẽ để có thể bảo vệ những người mà cậu yêu quý.

Và rồi vào một ngày kia, cậu bỗng được giao cho một nhiệm vụ phải trở thành người hướng dẫn cho ba cô gái thuộc tiểu đội E601, một tiểu đội được tập hợp từ những thành phần yếu kém nhất học viện. Một kẻ phản bội và ba cô gái thất bại về chung một đội, thì liệu tiểu đội này sẽ đi đến đâu đây?